项目特点
1. 直接以药物处理后的细胞与未处理的细胞功能差异为出发点,以siRNA文库为基础,能够直接锁定与药物作用相关的靶基因,可以避免传统的海选方式(裂解并作mRNA芯片或者蛋白芯片,选取其中表达量明显下降或者明显被抑制的信号通路作为候选,然后再一个一个候选基因鉴定)。该方法以细胞行为为基础,所以找到与药物作用有关的细胞现象,并建立细胞膜型,是进行高通量筛选的前提。2. 如果涉及面广,可直接使用全基因组siRNA文库。如果小规模试筛,可选取小文库,如激酶siRNA文库,700个基因;或者G蛋白藕联受体(GPCR) siRNA文库,400个基因。
筛选技术
常规384或96孔板筛(适用于小规模筛选)
SAMcell自组装细胞芯片筛选(适用于大规模筛选)
服务流程
1. 明确该药物功能,明确该药物药效达到一半时的工作浓度IC50。
2. 选取与此项功能相关的信号通路,设计合成siRNA,建立文库。每个基因设计合成3条siRNA。如涉及面广,可直接使用全基因组siRNA文库。如果小规模试筛,可以选取激酶siRNA文库,700个基因;或者G蛋白藕联受体(GPCR) siRNA文库,400个基因。
3. 开展筛选工作
工作组:药物和siRNA共筛,药物浓度为IC50。
对照组:只加siRNA筛选。
参考两组实验结果,选取其中可以与药物协调作用并增加药效的siRNA,其靶基因即为药物候选靶基因。如何多个siRNA都起作用,并且在一个信号通路上,则该药物抑制整个信号通路。
4. 靶基因验证:药物处理细胞后检测靶基因候选的表达量是否降低,以及功能是否缺失。
现货文库
1) 全基因组siRNA文库 (21585 genes)
2) 人类全miRNA文库及inhibitor (983×2)
3) 细胞周期调节siRNA文库 (131 genes)
4) 去泛素化酶siRNA文库 (127 genes)
5) 磷酸化酶文库 (257 genes)
6) 细胞因子受体siRNA文库 (319 genes)
7) G蛋白偶联受体siRNA文库 (516 genes)
8) 细胞凋亡siRNA文库 (558 genes)
9) 蛋白激酶siRNA文库 (779 genes)
10) 订制siRNA文库 (100-2000 genes)
参考文献
Clathrin and phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate regulate autophagic lysosome reformation.Nature Cell Biology. 2012 Sep